Guaicuy (o Uaimiii / Gwaimi-y) era cómo los pueblos indígenas de la Cuenca se referían al Río das Velhas. La elección del nombre del Instituto Guaicuy no ocurrió por casualidad: es una celebración de los pueblos originarios de la región y también de los orígenes del propio Instituto, que nació en el año 2000, del Proyecto Manuelzão (UFMG), que lucha por la revitalización de la Cuenca del Río das Velhas.
Durante estas más de dos décadas, el Instituto Guaicuy se ha centrado y ha apoyado diversas causas socioambientales, luchando principalmente por el cuidado de las aguas, las montañas y las comunidades de Minas Gerais. Su actuación se basa en el protagonismo popular en la búsqueda de formas de vida que promuevan la convivencia, socialmente justa y ambientalmente sostenible, entre las personas, las aguas y el territorio.
La experiencia y el reconocimiento social que los fundadores del instituto trajeron del Manuelzão contribuyen a que, hoy en día, el Guaicuy pueda actuar en la lucha por la justicia socioambiental y la defensa de los bienes naturales en diversas áreas de trabajo. La lógica transdisciplinaria, intersectorial e interinstitucional, que valora la ciencia y los saberes populares, está presente en la rutina de todas las actividades.
Tras el desastre-crimen de la minera Samarco (Vale y BHP BIlliton) en Bento Rodrigues (2015), que quedó asociado a la ciudad de Mariana, el Guaicuy luchó incansablemente por la construcción y aprobación de la ley «Mar de Lama Nunca Mais», que posteriormente dio origen a la Política Estatal de Personas Afectadas por Presas en Minas Gerais (PEAB, en portugués). Entre diversas conquistas importantes, fue la PEAB la que instituyó la Asesoría Técnica Independiente (ATI) como derecho de las personas afectadas por presas en el estado.