El CEGSS rige sus proyectos, políticas, y acciones a través de los siguientes valores organizacionales:
Transparencia
Para obtener y mantener la confianza de las poblaciones marginadas con las que trabajamos y nuestros donantes, debemos trabajar arduamente para crear prácticas de transparencia organizacional. Para el CEGSS, es imperativo comunicar efectivamente la manera en la que ejecutamos nuestros proyectos y utilizamos los fondos que recibimos, así como los resultados de nuestras intervenciones.
Solidaridad
Estamos comprometidos en apoyar tanto esfuerzos individuales como grupales para lograr una sociedad en la cual se promueve la protección social de todos su miembros.
Dignidad
Creemos en los principios fundamentales del respeto y la dignidad. Asimismo creemos en el valor intrínseco de tratar a toda persona con equidad y justicia, no obstante su condición social y económica.
La misión del CEGSS es contribuir a eliminar las inequidades en salud, la exclusión social y sus determinantes, a través de un modelo de trabajo que combine la investigación social con el desarrollo de capacidades en personas que pertenecen a grupos poblacionales socialmente excluidos, con el propósito de promover también la incidencia política.