La organización estructura su trabajo en tres áreas fundamentales:

• Ecofeminismo: Buscan situar la “ética del cuidado” en el centro de la política. Promueven redes de solidaridad para defender lo que llaman el “cuerpo-territorio”, vinculando la autonomía de las mujeres con la protección de la tierra.

• Justicia Ambiental: Utilizan herramientas del derecho, la ciencia y las comunicaciones para denunciar la violencia extractivista y defender los territorios frente a proyectos que amenazan los ecosistemas y la vida comunitaria.

• Educación para una Vida Digna: Desarrollan procesos de educación popular y ambiental. Un ejemplo destacado es la Escuela del Ngen Ko (Espíritu del Agua), donde integran saberes ancestrales (especialmente del pueblo Mapuche) con la reflexión crítica sobre la crisis climática.

• Los valores fundamentales de Sur Territoria se articulan en torno a la colaboración reciprocidad,  promoviendo un modelo de trabajo horizontal basado en el apoyo mutuo que rompe con las jerarquías tradicionales. Esta visión se complementa con el fortalecimiento de la resiliencia comunitaria, apoyando activamente a las organizaciones de base (tanto Mapuche como no Mapuche) para resistir las crisis externas. Todo esto se sustenta en el rescate de la memora ancestral , utilizando las prácticas culturales tradicionales no solo como un acto de identidad, sino como una herramienta de resistencia política frente al modelo de desarrollo extractivista actual.